کنترل های داخلی در مورد حقوق و دستمزد نیز کاربرد دارند و شرکت ها کنترل های خاصی را در حسابداری حقوق و دستمزد مستقر می سازند. تعداد زیاد مبادلات حقوق و دستمزد و انواع گروه های دیگر آن ریسک اهمال در کنترل آن را افزایش می دهد. سیستم های حسابداری دو نوع کنترل ویژه را برای حقوق و دستمزد تدارک دیده اند: کنترل کارآیی و کنترل برای محافظت پرداخت های حقوق و دستمزد.
کنترل کارآیی
برای واحدهای تجاری با کارکنان فراوان، مغایرت گیری حساب بانک بسیار وقت گیر است زیرا از آنجا که معمولا حقوق در روزهای پایانی ماه پرداخت می شود، به احتمال زیاد واحدهای تجاری با چک های معوق مواجه خواهند بود.
این مغایرت گیری چک ها، هزینه عملیلات حسابداری را افزایش می دهد. برای برخورد با این معضل، واحدهای تجاری از دو حساب بانکی مخصوص برای پرداخت حقوق و دستمزد استفاده می کنند و در یک ماه حقوق و دستمزد را از یک حساب بانکی و در ماه بعد از حساب بانکی دیگر پرداخت می نمایند و عمل مغایرت گیری هر حساب را یک ماه در میان انجام می دهند. در این سیستم چک هایی که مثلا در 31 خرداد صادر شده اند، تا 31 تیر باید به بانک ارائه شوند. با این کار چک های معوق حذف خواهند شد و در نتیجه هزینه حسابداری اینکار نیز کاهش خواهد یافت.
از طریق نرم افزار حقوق و دستمزد به راحتی می توان به مبادلات حقوق و دستمزد پرداخت. حقوق و کسور هر یک از کارکنان در نرم افزار ذخیره می شود. در زمان پرداخت حقوق، اپراتور نرم افزار ساعت های کار هر یک از کارکنان را وارد نرم افزار می کند. نرم افزار به صورت خودکار محاسبات لازم را انجام می دهد و لیست حقوق و دستمزد را تهیه می کند. همچنین کارت مجموع درآمد هر یک از کارکنان را نیز بهنگام می کند. کار دیگری که نرم افزار های حقوق و دستمزد انجام می دهند، محاسبات مربوط به مالیات جهت گزارش به مقامات دولتی می باشد. لیست حقوق و دستمزد یک فرم کامپیوتری است که به استفاده کنندگان اطلاعات مختلفی در مورد حقوق و دستمزد می بخشد. در پایان دوره حسابداری، نرم افزار به طور خودکار هزینه های معوق مربوط به حقوق و دستمزد را محاسبه می کند.
سایر کنترل های حقوق و دستمزد برای ارتقاء کارآیی عبارتند از خط مشی های تدوین شدهدر رابطه با دستورالعمل های مربوط به اخراج، استخدام و حفظ نیروی کاری واجد شرایط و کمک و هدایت آنها در راستای اهداف واحد تجاری، همچنین دستورالعمل مربوط به نحوه رعایت مقررات دولتی جهت اجتناب از پرداخت های مربوط به جرائم و خسارات دیرکرد از جمله کنترل های کارایی به شمار می رود. تفکیک وظایف زنجیره ای و مرتبط به هم در سیستم و حقوق و دستمزد و چرخش آنها از جمله نکات کنترلی سیستم حقوق و دستمزد می باشد.
کنترل پرداخت های حقوق و دستمزد
مالکان و مدیران واحدهای تجاری کوچک می توانند از طریق ارتباط شخصی که با کارکنان خود دارند بر پرداخت های حقوق و دستمزد نظارت نمایند. اما برای شرکت های بزرگ یک چنین کاری مقدور نیست. این واحدهای تجاری باید کنترل هایی مستقر نمایند تا اطمینان حاصل شود که پرداخت کارکنان حقیقی بر اساس کار انجام شده و بطور صحیح انجام می گیرد. یکی از خطرات موجود این است که چک در وجه افرادی نوشته شود که اصلا کارمند واحد تجاری نباشند. برای مبارزه با یک چنین مخاطراتی واحدهای تجاری بزرگ سیستم های کنترل داخلی بر پرداخت های حقوق و دستمزد را تدارک دیده اند.
وظایف فرد مسئول استخدام و اخراج کارکنان باید از وظایف توزیع و تحویل چک های حقوق و دستمزد تفکیک گردد. کارت شناسایی عکس دار در محل کار بر سینه کارکنان نصب شود و چک ها تنها بر اساس فهرست شماره این کارت های شناسایی صادر و به دارندگان آن تسلیم گردد.
مضافا اینکه می توان از سیستم های ثبت اوقات کار استفاده کرد. این سیستم ها اطمینان می دهند که کارکنان در ساعت های مقرر در سر پست ها حضور دارند. کنترل دیگر که می توان به کار گرفت، استفاده از ماشین های حضور و غیاب است که ساعت ورود و خروج کارکنان را مشخص می سازد.
باز هم می بینبد که تفکیک وظایف یکی از کنترل های داخلی مناسب می باشد. تفکیک مسوولیت های دایره کارگزینی، دایره حقوق و دستمزد، دایره حسابداری، و ... باعث تحکیم کنترل های داخلی می شود.